Стыковочный порог: Гибкий порог для ламината и плитки: виды, особенности монтажа

Разное

Содержание

Порожки металлические — Компания ОМА – все для строительства и ремонта, (Минск)

Инструменты

Электроинструменты

Станки и оборудование

Измерительные инструменты

Пневмоинструменты

Оборудование для чистки и уборки

Ключи и отвёртки

Строительные ручные инструменты

Слесарные и столярные инструменты

Шарнирно-губцевый инструмент, кусачки

Резьбонарезные инструменты

Крепёж и метизы

Круги, диски для электроинструментов

Оснастка для сверления

Оснастка для строгания и пиления

Спецоснастка

Запчасти и аксессуары к электроинструменту и станкам

Хранение инструментов

Сад и огород

Уход за растениями

Садовая мебель

Растения

Поливочный инвентарь

Садовая химия

Садовый инвентарь

Садовая техника

Садовый декор

Стройматериалы

Стеновые отделочные материалы

Листовые и пиломатериалы

Металлоизделия и металлопрокат

Кровельные материалы

Материалы для подготовки поверхностей

Строительные смеси

Строительные клеи

Лестницы

Двери

Окна

Кладочные и облицовочные материалы

Устройство стен и подвесного потолка

Тепло и звукоизоляционные материалы

Пленки строительные

Ливневая система

Строительные машины

Оборудование

Строительный инвентарь

Сварка и резка

Ремонт и декор

Напольные покрытия

Отделка стен и потолка

Специализированные покрытия

Сантехника

Унитазы

Ванны

Душевые кабины, уголки

Аксессуары для душа

Умывальники, раковины

Кухонные мойки

Смесители

Водонагреватели

Отопление дома

Внутренняя канализация

Наружная канализация

Насосы для канализации

Системы очистки воды

Вентиляция

Подводка, трубы

Люки, дверки сантехнические

Сифоны

Счётчики

Мебель и аксессуары для ванных комнат

Электрика и свет

Лампочки для дома

Домашние светильники

Светодиодное освещение

Садовые светильники

Промышленные лампы

Светильники для хозяйственных и общественных помещений

Фонари

Батарейки, аккумуляторы, источники питания

Системы безопасности

Удлинители

Розетки и выключатели

Тёплый пол электрический

Кабеленесущие системы

Кабели и провода

Электрооборудование

Электроприборы

Электромонтажные материалы

Связь, компьютеры

Бытовая техника

Кухонная техника

Встраиваемая кухонная техника

Техника для дома

Климатическая бытовая техника

Товары для дома

Стиральные моющие средства

Средства личной гигиены

Парфюмерно-косметические товары

Товары для уборки

Декор окон

Предметы декора и сувениры

Текстиль

Карнизы

Товары бытового назначения

Товары для ухода за одеждой, обувью

Посуда

Емкости для кухни

Упаковка

Новый год

Канцтовары

Товары для хобби

Товары для детей

Лаки и краски

Краски для внутренних работ

Лаки

Малярный инструмент

Добавки к лкм

Герметики, очистители

Деревозащитные средства

Клеи

Растворители

Грунты

Эмали

Краски для наружных работ

Спецодежда

Рукавицы, перчатки

Спецодежда

Сезонная одежда и обувь

Средства защиты

Автотовары

Автохимия

Автомобильная краска

Автокосметика

Оснастка и аксессуары для авто

Отдых и туризм

Товары для отдыха

Товары для спорта

Товары для бани

Печная продукция

Мебель

Мебель и товары для хранения

Кухни

Мебель для ванных комнат

Каркасные системы

Мебельная фурнитура

Дверная фурнитура, замки

Мебель для прихожих

Стык линолеума между комнатами. Декоративные порожки стыковочные для пола

Сегодня для оформления пола очень часто используется линолеум. Укладывать его очень просто, ухаживать за ним легко, при эксплуатации покрытия нет никаких проблем. Важно, чтобы такой пол выглядел гармонично и служил верой и правдой на протяжении долгого времени. Вот почему нужно правильно стелить выбранное покрытие. Для выполнения укладки следует знать, как сделать стык линолеума. От этого зависит качество работы и конечный результат.

Что такое стыковка и особенности процесса

Стыковка – достаточно простая манипуляция. Но выполнять ее нужно, придерживаясь определенного регламента. Выбор типа стыка линолеума между комнатами напрямую зависит от особенностей покрытия и способа его укладки.

Сегодня есть возможность приобрести линолеум двух типов – бытовой и коммерческий. Отличаются они толщиной. Коммерческий тип более толстый, чем привычный всем нам бытовой вариант. Вот почему соединять его существенно сложнее. Но при этом он долговечный и прочный. Перед укладкой нужно выбрать тот вид линолеума, который подойдет именно вам. При желании есть возможность купить полукоммерческий вид, который является промежуточным.

Недостатки укладки внахлест

Полотна могут укладываться стык в стык или внахлест. Второй вариант имеет ряд минусов:

  1. Под полотно может попасть вода. В результате появится сырость.
  2. Наслоение приведет к образованию небольшой ступеньки. Она будет мешать ходить, так как поверхность окажется неровной.
  3. Если листы не будут закреплены, под них попадет мусор. При скреплении клеем со временем полотна расклеятся.

Вот почему не стоит использовать такой метод. Лучше соединять полотна линолеума между комнатами стык в стык. Важно сделать это так, чтобы исключить проникновение под материал воды и мусора. Сегодня существуют различные варианты выполнения работ.

Способы стыковки листов

Обработка стыка линолеума между комнатами нужна для того, чтобы достичь ряда целей:

  • Придать напольному покрытию привлекательный внешний вид.
  • Сделать его целостным.
  • Выполнить аккуратный и ровный пол.
  • Защитить черновое покрытие от воды и мусора.
  • Обезопасить подвальные помещения от влаги.

Если вы не знаете, чем закрыть стыки линолеума, выберите один из четырех возможных вариантов стыковки. Для работы применяются разные виды клея, а также дополнительные элементы. Швы выполняются с помощью:

  • классического двухстороннего скотча;
  • декоративных порожков;
  • холодной сварки;
  • горячей сварки.

Особенности холодной сварки

Стыки между двумя кусками обрабатываются клеем, специально предназначенным для таких работ. Состав воздействует на материал, проникает в его структуру и застывает. Обеспечивается надежное соединение полотен. Клей токсичный, поэтому важно работать с ним очень осторожно. Нужно соблюдать технику безопасности. Требуется обязательное проветривание помещения. В противном случае вы отравитесь вредными парами.

Метод достаточно простой. Гарантировано надежное соединение коммерческого и бытового линолеума. Этот вариант подходит только при небольшом зазоре между кусками. Для выполнения данной методики не нужно приобретать оборудование. Удается создать совершенно незаметные для глаза швы. Такая сварка не подходит для линолеума с утепляющим войлочным слоем. Не используется она и для многослойного линолеума.

Сегодня существуют разные виды клея, которые подходят для холодной сварки. Используются они для швов определенного типа.

В процессе работы важно следить, чтобы состав не попадал на лицевую поверхность линолеума. Это приведет к неминуемому повреждению. Удалить капли клея с помощью стирания нельзя. Стоит дождаться их высыхания, а затем срезать с помощью ножа.

Горячая сварка

Сварка стыков линолеума горячим методом – самый сложный способ. При этом он наиболее надежный. Для его выполнения требуется специальное оборудование. Именно поэтому в быту он применяется очень редко. Подходит только для коммерческого применения. Для бытового покрытия небольшой толщины он совершенно не годится. При выполнении сварки покрытие расплавляется.

Оборудование и материалы разогреваются до 450 0С. Первоначально нужно приклеить линолеум к подготовленному черновому основанию. Только после того, как клей высохнет, можно начинать стыковку кусков линолеума. При этом полотна накладывают не внахлест. Требуется максимально плотная стыковка. Для проведения работ необходим специальный инструмент:

  • резак для создания канавки;
  • аппарат для сварки покрытия;
  • нож серповидного типа для удаления излишков клея.

В роли стыковочного материала выступает шнур. Изготовлен он из ПВХ. Толщина составляет 4 мм. Продается он в специализированных строительных магазинах. Есть возможность подобрать шнур подходящего цвета. При высокой температуре шнур плавится и заполняет расстояние между полотнами. После остывания он обретает идентичные линолеуму характеристики.

Другие способы стыковки

Возможна обработка стыков линолеума между комнатами с помощью других материалов. Это может быть двухсторонний скотч, профиль или порожки. Наиболее простой материал – скотч. Для выполнения работ с его помощью много времени не требуется. Финансовые затраты также сводятся к минимуму. Такой способ не позволяет создавать качественное соединение. Требуется приклеить скотч к подготовленному черновому основанию. Затем на него сверху клеится линолеум.

Порожки

Часто для стыковки двух кусков линолеума между комнатами применяются декоративные порожки стыковочные для пола. Они выполняют следующие функции:

  1. Обеспечивают защиту от грязи и влаги. Линолеум не будет расслаиваться, под ним никогда не появится плесень.
  2. Не допускают разрыва линолеума в местах соединения.
  3. Становятся необычным декоративным элементом.
  4. Улучшают восприятие разных покрытий. Различные варианты материала смотрятся как один элемент. При этом исключается контраст по оттенку, фактуре и цвету.
  5. Порог для стыка линолеума становится хорошей соединительной планкой между двумя комнатами.

Виды стыковочных порожков

Сегодня используются разные стыковочные порожки для пола:

  1. Прямые используются для стыковки материалов, расположенных на одном уровне.
  2. Перепадные применяются для материалов разной высоты. Подходит для стыковки линолеума с паркетом, ламинатом и плиткой.
  3. Финишные укладываются в месте завершения покрытия из линолеума. Обычно данные варианты используются в проемах.

По размерам порожки бывают узкими и широкими. Узкие менее заметные, а широкие используются для того, чтобы закрыть широкие щели.

Данные элементы выполняются из разных материалов: металла, пластика, резины и пробки.

Металл

Наиболее популярны металлические варианты. Они могут эксплуатироваться на протяжении долгого времени. Внешне модели смотрятся очень презентабельно. Данные изделия выпускаются из алюминия или латуни. Порожек алюминиевый более распространен, так как он доступнее по цене. У таких планок есть один недостаток: они скользкие. Лучше отдать предпочтение алюминиевым порожкам с рифленой полоской посередине.

В процессе производства металлические пороги окрашиваются в цвета, копирующие золото, серебро или бронзу. Ламинирование позволяет создавать плинтусы с фактурой камня, дерева или иных материалов.

Пластик

Не менее востребованы пластиковые порожки, изготавливаемые из поливинилхлорида. Богатая цветовая палитра данных элементов впечатляет. Краску добавляют в исходный состав. Обычно такие изделия применяют для соединения ковролина и линолеума.

Еще одно достоинство плинтусов из пластика – способность сгибаться. Вот почему они идеально подходят для криволинейных стыков. Срок службы данных изделий не столь велик. Со временем привлекательный внешний вид утрачивается. Через некоторое время требуется замена. Стоимость порожков из пластика низкая, поэтому вы не причините ущерб семейному бюджету.

Резиновые и пробковые планки

Используются также два варианта резиновых порогов: полностью из резины и с основой из алюминия. Применяются они тогда, когда нужно свести скольжение покрытия к минимуму. Резиновые плинтусы подходят для соединения криволинейных швов.

Пробковые планки идеально подходят для соединения линолеума. Данный материал обладает отличными амортизационными свойствами. Другое их название – компенсационные рейки. Сегодня изготавливаются пробковые порожки разного размера и формы.

Монтаж

Требуется выполнить правильный монтаж порожков. Часто их крепят на дюбели. В таком случае применяется плинтус с планкой из алюминия. Данный тип крепления – скрытый. Дюбели оказываются спрятанными под накладкой. Напольное покрытие при этом выглядит идеально.

Для крепления порожков при укладке линолеума с дугообразными или криволинейными стыками можно монтировать планки двумя способами:

  1. Использование гибкого плинтуса, прикрепляемого к полу. На него надевают декоративную планку. Такие изделия легко сгибаются, что очень удобно.
  2. Профиль из алюминия скрывает стыки небольшой ширины.

Порожек завершит оформление покрытия и даст возможность воплотить различные идеи в плане дизайна.

Стыковка с ламинатом и плиткой

Соединить два куска линолеума достаточно просто. Намного сложнее соединить край этого материала с плиткой или ламинатом. Для качественной стыковки требуется решение нескольких проблем:

  • перепад высот;
  • подбор похожего или контрастного цвета;
  • герметичное соединение материалов.

Если требуется такая стыковка, стоит применять порожек. Данный способ подходит тогда, когда материалы расположены на одном уровне. Если запланирована ступенька, есть возможность применения углового профиля.

Если стыковка линолеума между помещениями выполнена правильно, покрытие всегда будет сухим и чистым. При этом внешне материал будет выглядеть очень привлекательно. Выполнить работы достаточно просто. Вы сможете сделать все самостоятельно. При этом не возникнет никаких проблем.

Порожки стыковочные, пороги стыковочные для пола

Стыковочные пороги — специальные профили для перекрытия стыков, поворотов и обрамления различных участков пола, стен или отдельных конструкций.  Разнообразие форм и типов покрытий межкомнатных порожков для пола дают возможность граммотно и красиво скрыть стыки в Вашем доме. 

Компания SINTEZAL является одним из крупнейших производителей алюминиевых стыковочных порожков. В нашем ассортименте присутствуют соединительные профили из разных материалов и различного назначения. 

В нашем интернет магазине Вы сможете купить наиболее практичные и качественные модели стыковочных порогов. Мы собрали для Вас огромный ассортимент моделей собственного производства, а также лучшие модели порогов от других крупнейших украинских и европейских производителей.

Стыковочные пороги по виду применения:

  • стыковочные (соединительные) пороги для пола;
  • профили для керамической плитки;
  • угловые и лестничные пороги;
  • разноуровневые порожки с перепадом высоты;
  • порожки со скрытым креплением;
  • антискользящие накладки на пол и ступени;
  • декоративные отделочные планки.

Стыковочные пороги по материалу изготовления:

  • алюминиевые стыковочные пороги;
  • латунные порожки;
  • пороги из нержавеющей стали;
  • порожки из термопластика;
  • пороги из ПВХ;
  • порожки из резины
  • комбинированые порожки (алюминий+резина, пластик+резина).

Гибкие соединительные профили для пола

Специальная группа стыковочных профилей, которые благодаря своей конструкции или материалу изготовления могут радиусно изгибаться, повторяя линию криволинейных стыков. Гибкие напольные пороги бывают из разных материалов и отличаются по своей функциональности. Наиболее универсальный вариант — гибкий стыковочный порожек из термопластика. Такой соединительный профиль для пола крайне прост в установке, долговечен в эксплуатации и имеет отличный внешний вид. Универсальная система крепления даёт возможность установки порожка под наклоном, компенсируя возможный перепад высоты напольного покрытия. Гибкий стыковочный профиль часто применяют для стыка ламината, перехода с ламината на линолеум, плитку или ковролин. Разнообразие цветов и оттенков позволит выбрать порожек для пола нужного цвета, максимально совпадающего по цвету с напольным покрытием.

Соединительные профили для керамической плитки.

Металлические профили, применяемые для соединения, организации угловых поворотов, отделки торцов и примыканий кафеля к другим напольным покрытиям. Такие профили называют «раскладка для плитки», эти пороги имеют универсальное применение их используют как при отделке пола, так и при укладке плитки на стены, пандусы или отдельные элементы интерьера. Основным отличием стыковочных порогов для плитки является наличие специальной монтажной части, предназначенной для крепления на клей или раствор. 

Профиль для керамической плитки бывает металлический (алюминиевый, латунный, из нержавеющей стали) и пластиковый (ПВХ, термопластик).

Алюминиевый профиль для керамической плитки имеет низкую цену и отличные эксплуатационные характеристики. Алюминиевые порожки для плитки могут быть анодированные или окрашенные под структуру дерева. Такие покрытия позволяют качественно соединить плитку, сделать эстетический и незаметный стык плитки и ламината, паркета, паркетной доской и т.п.

В нашем интернет-магазине Вы сможете купить стыковочный профиль для ламината и плитки, такие порожки бывают гибкие и дают возможность сделать криволинейный (радиусный) стык.

Наиболее распространенным видом профилей для плитки является т.н. уголок для плитки. Это металлические профили, которые предназначены для установки на углах поворотов кафеля, защищают плитку и придают эстетический внешний вид. Угловой профиль для плитки бывает наружный и внутренний. Уголки для керамической плитки бывают разной формы и конфигурации. У нас в ассортименте большой выборразличных профилей: декоративный уголок  для плитки наружный, угловой металлический профиль для перехода между ламинатом и плиткой, накладной наружный угол для кафеля, стык плитки и ламината, латунный профиль для плитки, профиль для плитки из нержавеющей стали.

В интернет-магазине СИНТЕЗАЛ Вы сможете легко выбрать и купить нужный угловой профиль для плитки (угол плиточный) из большого ассортимента представленого в этом разделе. Наружный алюминиевый уголок для плитки купить в Киеве по лучшей цене. 

Металлические уголки для плитки — простое, недорогое и практичное решение вопроса стыковки керамической плитки.

Док-станция и виртуальный скрининг лигандов

Руководство ICM v.3.8 Рубен Абагян, Евгений Рауш и Макс Тотров
Copyright & copy 2020, Molsoft LLC
16 ноября 2020 г.

[Обзор Vls | Часто задаваемые вопросы о доке Ligand | Vls faq]

Макс Тотров и Рубен Абагян

[Рецептор | Выбор лигандов | Время стыковки | Подсчет очков]

Этот раздел касается прогнозов взаимодействия лекарств. или небольшие биологические субстраты (менее 600-700 дальтон) до карманы с более крупными и жесткими рецепторами (обычно белковые молекулы, ДНК или РНК). Пристыковка и проверка состоит из пяти основных этапов.

1. Куда пристыковаться. Сборка рецептора и карманная модель


Цель здесь состоит в том, чтобы получить адекватную трехмерную модель рецепторный карман, к которому вы планируете стыковать лиганды. И ловушек в том, что ваша модель в целом неточна, или не отражает индуцированную подгонку, или альтернативные конформации кармана связывания рецептора не обнаруживаются.
Рецептор из PDB
Если у вас есть только одна запись с вашим рецептором, конвертируйте белок с convertObject да да нет нет, после удаления молекул воды и ненужных цепочек (е.грамм. удалить a_! 1) или использовать меню, как в разделе стыковки лигандов.
Однако, если у вас есть выбор между несколькими шаблонами, примите во внимание следующее:
Рецептор из моделирования гомологии
Модель по гомологии может быть построена с помощью команды build model (меню Homology / Build_Model) последующий макрос RefModel.
Идентификация карманов
Если переплетный карман не известен заранее, используйте макросы icmPocketFinder или icmCavityFinder (для закрытых карманов).icmPocketFinder также можно получить из меню Docking / Receptor Setup, подменю Identify_Binding_Sites

2. Что стыковать. Лиганд, лиганды, база данных или библиотека.


Обычно хорошее начало — это попытаться пристыковать известный лиганд (ы) к модели рецептора. Вы также можете закрепить библиотеку соединений, чтобы определить потенциальных кандидатов. В этом случае основная ошибка заключается в том, что библиотека слишком ограничена, молекулы химически не возможно или не похоже на лекарство.
Лиганд из PDB
Затем, чтобы закрепить лиганд из pdb, выполните процедуру, описанную в разделе стыковка лигандов.
Лиганд (ы) из файла mol / mol2 или строк SMILES.
Основным условием является правильность формальных сборов и типов облигаций. Если они неверны, вам необходимо обработать каждую молекулу вручную, как описано в разделе стыковки лигандов. Из командной строки вы можете использовать сборку смайлов или макрос convert2Dto3D.

Рекомендации по гибкой стыковке.


После того, как карты рецепторов построены, вы начнете моделирование стыковки. Целью расчета гибкой стыковки является прогнозирование правильной геометрии переплета для каждой подшивки. Алгоритм стохастической глобальной оптимизации ICM пытается найти глобальный минимум функции энергии, который включает пять сеточных потенциалов, описывающих взаимодействие гибкого лиганда с рецептором и внутренняя конформационная энергия лиганда. Во время этого процесса создается стопка альтернативных низкоэнергетических конформаций. сохранен (один из вариантов в меню стыковки). Некоторые факты о стыковке ICM:
  • среднее время стыковки 2-30 секунд на лиганд на процессор
  • Док-станция ICM показала очень хорошие результаты при прогнозировании геометрии привязки в нескольких сравнительных тестах.
  • время на лиганд было выбрано минимально возможным, чтобы обеспечить возможность скрининга очень больших наборов данных. Чтобы увеличить время, затрачиваемое на лиганд, измените параметр Docking_effort в Docking.Small Set Docking Batch. в 3. или 5., либо укажите этот параметр напрямую в скрипте rundock.

Подводные камни. Неточная модель рецептора, или неправильно преобразованные лиганды, или недостаточные усилия по оптимизации могут приводят к неверным прогнозам.

Целью скрининга виртуального лиганда является обеспечение максимального разделения между связующими и не связующими и , а не , чтобы ранжировать небольшое количество связующих в соответствии с к их энергиям связи. Оценки могут быть линейно связаны с оценками энергии связи, но параметры трансформации необходимо рассчитывать по нескольким опорным точкам (см. команду обучения).

Модуль vls позволяет получить доступ к хорошей функции оценки.

[Введение в док-станцию ​​| Настройка проекта | Преобразование химикатов | Работает в доке | DockScan | Стыковка шаблона]

Введение и предварительные условия


Процедура стыковки лиганда ICM выполняет стыковку полностью гибкого низкомолекулярного лиганда с известная рецепторная трехмерная структура. Перед настройкой проекта стыковки необходимо создать объект ICM приемника.В большинстве В случаях рентгеновская структура рецептора изначально находится в формате PDB. Таким образом, это должно быть конвертирован в формат ICM. Этот процесс включает добавление атомов водорода, присвоение типы атомов и заряды из остаточных шаблонов (icm.res) и наложение внутренних дерево координат (icm-tree) в исходных координатах PDB. Самый простой способ сконвертировать pdb структура в объект icm осуществляется через графический интерфейс следующим образом:
  1. загрузить файл pdb в icm (меню File / Read Molecule / PDB)
  2. преобразовать загруженную структуру в объект icm (меню MolMechanics / ICM-convert / Protein).

Рекомендуется выбрать вариант «оптимизировать водороды». Чтобы ускорить процедуру, отключить окно 3D-графики (боковое меню Очистить / Нет графики) Когда процедура завершается, преобразованный объект становится «текущим» объектом в icm. Ты можешь проверить результаты путем отображения преобразованной структуры.

Начните настройку проекта, указав имя проекта (меню Закрепление / Установить имя проекта). Избегайте пробелов и ведущих цифр в имени. Все файлы, относящиеся к проекту стыковки, будут хранятся под именами, которые начинаются с названия проекта.Большинство настраиваемых параметров будут сохраняется в файле таблицы под названием проекта dockProjName.dtb :
DOCK1.dtb # контрольная таблица
DOCK1_rec.ob # объект-рецептор
DOCK1_gb.map # 3D потенциальные сетки или "карты"
DOCK1_gc.map
DOCK1_ge.map
DOCK1_gh.map
DOCK1_gl.map
DOCK1_gs.map
DOCK1_probe.ob # 4 атомный зонд для начальной суперпозиции (или)
DOCK1_tmplt.ob # лиганд шаблона (необязательно)
так далее. .
Следующим шагом является настройка приемника (меню «Настройка стыковки / приемника»).Выберите рецептор молекул, в большинстве случаев подойдет a_ * — будут включены все молекулы в текущем объекте. Определите остатки сайта связывания вручную, например a_ / 123,144,152 для отбора по остатку числами или графически с помощью инструмента лассо (не забудьте установить уровень выделения на остаток). Этот выбор используется исключительно для определения границ поиска стыковки и размера сетки и не обязательно быть полными, выбирая около 4 остатков, ограничивающих сайт связывания достаточно.Диалоговое окно настройки рецептора также позволяет запустить процедуру идентификации сайта привязки для быстро найти предполагаемые сайты связывания на вашем рецепторе.

Настройка рецептора процедура сначала отобразит блок сетки, позволяющий настроить размеры блока, и затем «зонд», который определяет начальное положение центра масс лиганда и длинная / короткая ось. Зонд можно перемещать / вращать. Пока его позиционирование имеет лишь незначительные влияет на результаты, пока он остается в месте связывания, это может помочь процедура для более надежного и / или более быстрого поиска правильной ориентации стыковки.
После завершения настройки рецептора программа обычно отображает рецептор с выбранные остатки сайта связывания выделены желтым маркером. Настройка лиганда предлагает несколько способов (подменю стыковки / настройка лиганда) для определения лиганда, в зависимости от источника структуры (ей) лиганда.

Чтобы запустить задание стыковки из оболочки unix, используйте макрос _dockScan с соответствующими параметрами, например

icmng -c / icm / _dockScan abl -E confs = 10 усилие = 3.от = 10 до = 20 outdir = / tmp / name = ou> & abl10.ou &
 Файл # abl.dtd будет содержать все остальные инструкции

Преобразование химического вещества из PDB.


Банк данных о белках из-за беспрецедентного незнания за последние 15 лет не хранит никакой информации о типах ковалентных связей и официальных расходах химических соединений, взаимодействующих с белками! Эта оплошность делает невозможным в автоматически преобразует эти молекулы во что-нибудь разумное и требует вашего ручное интерактивное присвоение типов облигаций и формальных сборов для каждого соединение в pdb-записи.Следовательно, если вы примените команду convert к pdb-запись с лигандами, лиганды просто станут некоторыми поврежденными неполными молекулами которые не могут быть далее конформационно оптимизированы.
Выполните следующие действия, чтобы правильно преобразовать химическое вещество из формы PDB в правильный объект icm.
  • отобразить молекулу, установить wireStyle = 2 (или через верхнее левое графическое меню), и тип выбора — GRAPHICS.selectionMode = 1 (первый пункт меню gui-selection-mode)
  • вызвать MolMechanics. Пункт меню Structure.SetBondType
  • графически выбрать группы атомов (например, кольцо) и установить соответствующий тип связи
  • вызывает следующий пункт меню, MolMechanics.Structure.SetFormalCharge и установить официальные обвинения
  • перейти в меню MolMechanics.ICM-Convert.Chemical (см. Ниже)

Настройка лиганда или набора лигандов
Теперь рассмотрим ситуацию, когда загружен icm-объект лиганда. ICM-объект лиганда также может быть получен, например, с помощью чтение структуры из файла SD (меню File / Read Molecule / Mol / SDF) и преобразование ее в ICM (меню MolMechanics / ICM-Convert / Chemical).
Как только объект icm лиганда готов, продолжайте для настройки стыковочного лиганда (меню Docking / Ligand Setup / From Loaded ICM object).
Процедуру установки лиганда можно запускать многократно, чтобы изменить источник лиганда в одной стыковке. проект. Кроме того, размер коробки и положение зонда можно изменить позже (меню Просмотр / Настройка лиганда / коробка). На данный момент проект готов для расчета карт (меню стыковки / Сделать карты рецепторов). Пересчет карт обычно занимает менее 1 минуты.Хотя диалоговое окно расчета карты позволяет изменять шаг сетки, мы не рекомендуем изменять значение по умолчанию 0,5, которое было сочтено оптимальным для большого количества тестовых случаев. Максимальный параметр отталкивания Ван-дер-Уоллса может быть увеличен, если требуется более строгое соблюдение стерического исключения. После завершения расчетов карты все готово для начала фактической стыковки. моделирование. Большой набор лигандов в файле mol можно рассматривать как базу данных и индексировать с помощью инструмента индексации ICM. (меню Docking / Tools / Index Mol, База данных Mol2) для быстрого доступа.Лигандные структуры из файла mol / mol2 могут быть преобразованы в ICM на лету и не требуют ручной подготовки, необходимой в случае структур PDB.

Запуск моделирования стыковки


Используйте стыковку меню / небольшой набор стыковочной партии, чтобы начать стыковку одного или нескольких лигандов в задний план. Вы также можете просматривать процесс в интерактивном режиме (закрепление меню / интерактивное закрепление) хотя это намного медленнее из-за времени, затрачиваемого на рисование молекул.Результаты пакетные задания на стыковку сохраняются в
PROJECTNAME_answers * .ob # icm-объектный файл с лучшими решениями для каждого лиганда
PROJECTNAME _ *. Cnf # icm файлы конформационного стека с несколькими пристыкованными конф.
PROJECTNAME _ *. Ou # выходной файл, в котором хранятся различные сообщения.
Множественные конформации, накопленные во время стыковки лиганда, можно визуализировать и просматривается в ICM (меню «Стыковка» / «Просмотр соответствия стека»). Использовать меню Docking / Display / Preferences для изменения графического представления лиганда / рецептора по умолчанию.

Запуск сценария пакетной стыковки ICM с _dockScan

После того, как проект, каталог проекта и карты созданы, можно приступать к стыковке. различные наборы лигандов в этот рецептор. Чтобы запустить его напрямую через ICM, а не через промежуточный сценарий оболочки Unix, используйте сценарий _dockScan.

Чтобы запустить сценарий _dockScan, просто запустите ICM и укажите сценарий в качестве первого аргумента. Все аргументы _dockScan должны быть указаны после него.

Предварительные требования: Выполните следующие шаги в меню стыковки:

  • Настройка рецептора
  • Сделать карты рецепторов
  • Настройка лиганда ( Примечание: вам не нужен этот шаг, если вы стыкуетесь непосредственно из файла .sdf)
При необходимости измените получившийся projFile (например, DOCK1.tab) по своему вкусу.

Полный синтаксис сценария _dockScan следующий. icm _dockScan [ необязательные аргументы ] projName

Аргументы могут быть следующими

аргумент комментарий пример
док в соответствии с параметрами и настройками источника лиганда из файла projName. вкладка
input = dock непосредственно из файла sdf (для других режимов требуется спецификация ввода в файле PROJECT.tab)
-a закрепить и сохранить ВСЕ молекулы, игнорировать фильтры и порог оценки (по умолчанию, если меньше 100 молекул) icm $ ICMHOME / _dockScan -a / home / dock / PROJECT
-d только стыковка, без оценки
-E оценивает оценку привязки для нескольких поз, обрабатывает их, но сохраняет все стеки в файлы (удобно для просмотра) -S
-p Режим «зонда»: стыковка зондов из входного файла sdf, поощрение пространственного охвата
-r Стыковка с жестким лигандом
-s сохранить стопки нескольких стыковочных поз для каждого лиганда
-S То же, что и -s, но ПОВТОРИТЬ ВСЕ сохраненные позы, см. Также -E
-f применить фильтры свойств для исключения молекул за пределами диапазонов, указанных в PROJECT.вкладка (это значение по умолчанию, если стыкуется более 100 молекул)
confs = оценка / сохранение только до поз (с -S / -E)
from = to = Диапазон молекул из индексированного файла .sdf или идентификаторов molcart from = 1 to = 10000
заданий = порождает n процессов, по умолчанию 1
name = файл результатов с позами будет назван соответствующим образом (по умолчанию «ответы»)
outdir = каталог для выходных файлов
выход = процесс ответов.ob в файл sdf списка совпадений в конце прогона
seed = | random seed из предыдущего стыковки для точного воспроизведения результатов
усилие = | коэффициент «тщательности», позволяющий увеличить или уменьшить усилие стыковки (по умолчанию 1. , разумный диапазон от 0,5 до 20.)

Пример:

Закрепление файла sdf (сначала настройте рецептор, сделайте карты сетки и установите источник ввода лиганда в графическом интерфейсе пользователя).

icm _dockScan / home / Clayton / gpcr / PROJECTNAME -a -S confs = 10 усилий = 3.

Это обеспечит стыковку всех соединений с 3-кратным более длительным (более тщательным) моделированием и пересчитает до 10 конформаций на лиганд.

Связывание с ограничениями шаблона


Можно использовать объект шаблона для привязки части структуры лиганда в предпочтительное положение во время моделирования стыковки. Подготовить объектный файл содержащую группу атомов, к которой нужно привязать.Отредактируйте настройку стыковки .tab файл, установив в поле s_templateObj имя файла объекта шаблона (по умолчанию «нет»). Переменная l_superByName управляет способом установлено соответствие между атомами лиганда и темплата. Если это «нет», выполняется поиск химической субструктуры и налагаются привязки в соответствии с соответствие подструктуры. Если l_superByName — «да», простое сопоставление согласно имена атомов. Тетеры можно взвесить индивидуально, назначив значения b-фактора для атомов шаблона.Вес обратно пропорционален b-фактору, b-фактор по умолчанию 20. соответствует весу 1.

[Введение | Порог ВЛС | Mf оценка | Выбор Admet | Распараллеливание | Кластер Vls | Хранение партитур Vls | Результаты vls]


Виртуальный скрининг лигандов (VLS) в ICM выполняется путем стыковки каждого лиганда в базе данных к рецепторной структуре, с последующей оценкой купированной конформации с функция оценки привязки. Затем лиганды с лучшими показателями сохраняются в файле с множеством объектов icm.Настройка VLS во многом идентична настройке моделирования стыковки (см. Практическое руководство: моделирование стыковки лигандов). В большинстве случаев входным файлом лиганда будет SDF или MOL2 файл. Эти файлы должны быть проиндексированы ICM, прежде чем их можно будет использовать в запусках VLS. В index используется для обеспечения быстрого доступа к произвольной молекулярной записи в большом файле. Использовать меню Docking / Tools / Index Mol / Mol2 File / Database для создания индекса, затем настройте SDF / MOL2 файл в качестве источника лиганда (меню Docking / Ligand Setup / From Database).Как и в стыковке, _dockScan Сценарий ICM можно запустить непосредственно из оболочки / командной строки UNIX для запуска моделирования.
Важным параметром прогона VLS является порог оценки. Пристыкованная форма для конкретный лиганд будет сохранен процедурой ICM VLS, только если его оценка связывания ниже порог. Отредактируйте файл .tab проекта, чтобы изменить это значение:
#> r DOCK1.r_ScoreThreshold
  -35.

Выбор порога можно осуществить двумя способами:
  1. на основе оценок, рассчитанных путем стыковки известных лигандов. Обычно значение, несколько превышающее типичное значение, наблюдаемое для известных лигандов, является хорошим предположением.
  2. Если лиганды неизвестны, можно запустить предварительное моделирование с использованием ~ 1000 соединений из целевой базы данных. Используя полученные статистические данные для баллов, порог должен быть установлен таким образом, чтобы удерживать ~ 1% лигандов.

Оценка потенциала средней силы


Расчет потенциала средней силы (pmf) дает независимую оценку силы лиганд-рецепторное взаимодействие.Параметры pmf хранятся в файле icm.pmf и прочтите с помощью команды read pmf s_pmfFile . Существует два типа расчета mf: все атомы и межмолекулярная мода. Режим переключается с предпочтением mfMethod. Чтобы включить расчет pmf-score, определите PROJECTNAME.r_mfScoreThreshold пороговый параметр к таблице:
#> r ИМЯ ПРОЕКТА.r_mfScoreThreshold
  999.

ICM VLS использует ряд критериев для предварительного выбора соединений перед стыковкой.Отредактируйте файл .tab проекта на изменить их значения по умолчанию. Полное описание каждого поля в файле .tab можно найти здесь ftp://ftp.molsoft.com/man/dockTable.pdf
#> я DOCK1.i_maxHdonors
 5
#> я DOCK1.i_maxLigSize
 500
#> я DOCK1.i_maxNO
 10
#> я DOCK1.i_maxTorsion
 10
#> я DOCK1.i_minLigSize
 100

Если размер базы данных превышает несколько тысяч соединений, желательно запустить несколько заданий VLS в параллельно для ускорения расчетов. Используйте параметры from = и to = _dockScan, чтобы запускать несколько заданий на разных срезы базы данных, e.грамм.
icm _dockScan от = 1 до = 10000 MYPROJECT
icm _dockScan от = 10001 до = 20000 MYPROJECT
icm _dockScan от = 20001 до = 30000 MYPROJECT
..

Выполнение заданий VLS в кластерной среде PBS UNIX


Задания в кластере Linux выполняются через систему очередей PBS. Несколько Предоставлены скрипты для упрощения отправки заданий vls. Чтобы представить одиночное задание, используйте скрипт pbs ‘pbsrun’, который является оболочкой pbs для rundock
qsub $ ICMHOME / pbsrun -v «ЗАДАНИЯ = -f 1 -t 1000 -o MYPROJECT»
Обратите внимание, что аргументы rundock помещаются в кавычки после JOBARGS =.Команда qsub является частью PBS.
Для отправки нескольких заданий существует простой сценарий оболочки pbsscan, который выполняет несколько qsub для полос базы данных:
$ ICMHOME / pbsscan MYPROJECT 1 6000 1000
— подает 6 работ, от 1 до 1000; От 1001 до 2000 … от 5001 до 6000. В настоящее время это скрипт поддерживает только аргументы rundock по умолчанию, копируйте / редактируйте, чтобы изменить.
Команда qstat является частью PBS и может использоваться для проверки состояния работы. Кроме того, сценарий $ ICMHOME / scanstat можно использовать для мониторинга ход выполнения работ VLS.Он анализирует выходные файлы * .ou rundock.
$ ICMHOME / scanstat * .ou
Чтобы удалить задания, используйте команду PBS qdel:
qdel 1234 # удаляет задание номер 1234

Где найти оценки соединений


После стыковки соединений, если опция VLS находится в

ICM User’s Guide: Virtual Ligand Screening

[Введение в VLS | Старт | Формат базы данных | Предпочтения | Файл таблицы стыковочного проекта | Запустите VLS в графическом интерфейсе пользователя | PBS | Распараллеливание | Результаты VLS | Пост-анализ экрана | Визуализация]

Доступно в следующих продуктах: ICM-VLS |

Виртуальный скрининг лигандов (VLS) в ICM выполняется путем стыковки базы данных лигандов с рецепторной структурой с последующей оценкой стыкованной конформации с функцией оценки связывания.Затем лиганды с лучшими показателями сохраняются в файле с множеством объектов icm. Настройка процесса VLS в значительной степени идентична настройке для моделирования стыковки малых молекул (см. Раздел «Стыковка малых молекул»).


Следуйте инструкциям в руководстве по разделу стыковки малых молекул от параметра настройки проекта стыковки до параметра расчета карт. Используйте опцию Docking / Setup Batch Ligand, чтобы выбрать базу данных, которую вы хотите закрепить.

В большинстве случаев входным файлом лиганда будет файл SDF или MOL2.Эти файлы должны быть проиндексированы ICM, прежде чем их можно будет использовать в запусках VLS. Индекс используется для обеспечения быстрого доступа к произвольной молекулярной записи в большом файле, таком как файл SDF, который в некоторых случаях содержит более миллиона соединений.

Чтобы проиндексировать файл sdf:

  • Щелкните меню Docking / Tools / Index Mol / Mol2 File / Database, чтобы сгенерировать индекс. Будет отображено следующее поле ввода данных.

  • Введите имя вашего файла Mol / Mol2 и введите имя, которое вы хотите назвать своим индексным файлом.
  • Выберите формат файла: Mol или Mol2.

ПРИМЕЧАНИЕ: Перед запуском VLS важно настроить параметры VLS. Дополнительные настройки можно изменить в файле docking_project_name.tab. Поля в этом файле описаны здесь: ftp://ftp.molsoft.com/man/dockTable.pdf

Настройки VLS можно настроить с помощью:

  • Выбор меню Docking / Preferences / Database Scan

Для выбора доступны различные параметры, щелкнув стрелку вниз рядом с полем ввода данных.Эти параметры описаны здесь:

Порог очков:

Важным параметром прогона VLS является порог оценки. Пристыкованные конформации для конкретного лиганда будут сохраняться процедурой ICM VLS только в том случае, если его оценка связывания ниже порогового значения. Выбор порога может быть выполнен двумя способами: на основании оценок, рассчитанных путем стыковки известных лигандов. Обычно значение, несколько превышающее типичное значение, наблюдаемое для известных лигандов, является хорошим предположением. Если лиганды неизвестны, можно провести предварительное моделирование с использованием ~ 1000 соединений из целевой базы данных.Используя полученные статистические данные для баллов, порог должен быть установлен таким образом, чтобы удерживать ~ 1% лигандов.

Оценка потенциала средней силы:

Расчет потенциала средней силы (pmf) дает независимую оценку силы взаимодействия лиганд-рецептор. Параметры pmf хранятся в файле icm.pmf.

Прочие критерии выбора:

Другие критерии выбора, которые можно изменить, включают:

Минимальный / максимальный размер лиганда, который вы хотите подвергнуть скринингу.

Максимальное количество доноров водородных облигаций

Максимальное количество акцепторов водородной связи

Максимальное количество кручений

ICM VLS использует ряд критериев для предварительного выбора соединений перед стыковкой. Отредактируйте файл .tab проекта на изменить их значения по умолчанию. Полное описание каждого поля в файле .tab можно найти здесь ftp://ftp.molsoft.com/man/dockTable.pdf

#> я DOCK1.i_maxHdonors
5
#> я DOCK1.i_maxLigSize
500
#> я DOCK1.i_maxNO
10
#> я DOCK1.i_maxTorsion
10
#> я DOCK1.i_minLigSize
100

Сначала настройте проект стыковки (от Set Project до Setup Batch Ligand)

Для начала работы vls:

  • Стыковка / запуск Док-партия

Прежде чем запускать задания VLS, убедитесь, что вы следуете инструкциям в руководстве, озаглавленном «Стыковка малых молекул», из меню настройки проекта стыковки в меню расчета карт. Выберите вариант «Из проиндексированной базы данных», «Из MolCart» или «Из файла: SDF / Mol2» в настройках Batch Ligand.Настройку стыковки можно выполнить по сценарию, см. Вывод терминала в параметрах графического интерфейса для просмотра команд. Дополнительную информацию о стыковке и виртуальном просмотре с использованием командной строки можно найти здесь http://www.molsoft.com/man/ligand-fit.html

Если размер базы данных превышает несколько тысяч соединений, желательно запустить несколько заданий VLS параллельно, чтобы ускорить вычисления. Вы можете сделать это, выбрав опцию Docking / Run Database Scan Batch.

  • Выберите опцию Docking / Run Database Scan Batch
  • Выберите вкладку local
  • Выберите имя проекта стыковки.
  • Введите составной номер, из которого вы хотите состыковаться, например 8001
  • Введите составной номер, к которому вы хотите пристыковаться, например 10000
  • Тип лицензии: почти для всех типов лицензий (например, стандартных лицензий ICM-VLS) вам необходимо оставить это поле пустым . Если у вас есть лицензия -vlscluster или лицензия molvls (-vls), выберите вариант из раскрывающегося списка. Если у вас возникнут вопросы, сначала проверьте файл license.dat или напишите на адрес [email protected].

Самый простой способ просмотреть результаты выполнения VLS — это составить список совпадений.Это было описано ранее в разделе хит-листов главы руководства по стыковке малых молекул. Другие способы манипулирования данными VLS описаны здесь:

[Сортировать список результатов | Участок | Гистограмма | Диаграмма рассеяния | Сложный дисплей и дисплей с H-связкой | Рассчитать свойства | Кластер APF | Отпечатки взаимодействия]

13.1.10.1 Сортировка соединений в вашем HITLIST

Соединения могут быть отсортированы по их SCORE и т. Д. См. Раздел таблиц в данном руководстве. больше информации о работе с таблицами.

13.1.10.2 Как строить гистограммы и диаграммы рассеяния данных VLS

В хит-листе много столбцов с числовыми данными. ICM умеет строить интерактивные графики со столбцами таблицы (см. раздел «Таблицы»). Однако есть несколько простых в использовании параметров построения графиков. в меню док-станции, описанном здесь.

13.1.10.3 Чтобы построить гистограмму ваших данных VLS


  • Выберите меню Docking / Tools / Scan Results Histogram

  • Введите имя выходного файла VLS (*.ou), для которого вы хотите построить гистограмму.
  • Выберите, какой параметр вы хотите построить в зависимости от частоты (см. Ниже).

  • Нажмите OK, и файл def.eps будет сохранен с изображением вашей гистограммы.

13.1.10.4 Чтобы построить диаграмму рассеяния ваших данных VLS


  • Выберите меню Docking / Tools / Scan Results Scatterplot

  • Введите имя выходного файла VLS (*.ou), для которого вы хотите построить диаграмму рассеяния.
  • Выберите, какой параметр вы хотите задать по оси X.
  • Выберите, какой параметр вы хотите задать по оси Y.
  • Нажмите OK, и файл def.eps будет сохранен с изображением вашей диаграммы рассеяния.

13.1.10.5 Hitlist — сделать сложный и отобразить водородную связь

Когда вы сделаете хит-лист, вы увидите панель рядом с химической таблицей под названием Tools. Параметры здесь можно использовать для:

  • Отметьте опцию , отображать Hbonds , если вы хотите отображать водородные связи при просмотре списка совпадений.
  • Отметьте опцию сделать сложную структуру , если вы хотите, чтобы комплекс лиганд-рецептор отображался при просмотре списка совпадений.

13.1.10.6 Инструменты пост-скрининга — Расчет свойств

Существует выбор из выражений свойств , связанных с лигандами в списке совпадений, которые можно вычислить. Чтобы использовать их, нажмите кнопку раскрывающегося списка рядом с кнопкой Property Expression .В варианты включают:

  • Рассчитайте заряд лигандов в хит-листе.
  • Рассчитайте скрытую поверхность лигандов в хит-листе.
  • Рассчитайте изменение объема лигандов в хит-листе.
  • Рассчитайте, образует ли лиганд водородную связь с выделением. Сначала выберите остаток в рецепторе.
  • Рассчитайте RMSD фармакофоров. Это выражение свойства требует, чтобы в рабочую область был загружен объект под названием ‘pharma’ с фармакофором в нем.
  • Рассчитайте угол цис-трансамида лигандов в хит-листе.
  • Рассчитать расстояние до выделения. Сначала выберите остаток или атом в рецепторе.
  • Рассчитать неперекрытие с выбором. Сначала выберите остаток в рецепторе.
  • APF представляют собой сходство с выбранным лигандом. Сначала выберите лиганд.
  • Рассчитайте и сгруппируйте отпечатки пальцев взаимодействия.

Каждое из этих свойств будет помещено в таблицу списка результатов в виде нового столбца.Вы можете выбрать имя столбца перед вычислением, используя диалоговое окно Имя столбца . Нажмите кнопку Рассчитать свойство , чтобы запустить расчет.

13.1.10.7 Кластеризация по сходству позы лиганда APF


Результаты скрининга в хит-листе также могут быть сгруппированы по схожести химической позы 3D-фармакофоров с использованием полей атомных свойств. Сделать это:
  • Сделать хит-лист (закрепить / сделать хит-лист)
  • Нажмите кнопку Cluster by APF на панели инструментов (правая часть таблицы списка совпадений).
  • Будет отображено дерево, сгруппированное по схожести позы соединений по APF-соответствию.
  • Матрица расстояний добавлена ​​в список результатов.

13.1.10.8 Отпечатки пальцев взаимодействия

Отпечаток взаимодействия может помочь выбрать закрепленные лиганды с общими взаимодействиями или разнообразным набором взаимодействий. Отпечаток пальца — это битовая строка, представляющая контакт с каждым атомом. Для конкретности существует специальный набор битовых строк, которые представляют водородную связь.Альтернативой «отпечаткам пальцев» взаимодействия является кластеризация по трехмерному фармакофорному сходству с использованием APF.

Шаг 1: Расчет отпечатков пальцев взаимодействия
  • Установите и запустите стыковку, а затем создайте список совпадений.
  • Дополнительно: Выберите оранжевым цветом карман для связывания лиганда. Если выбор не сделан, ICM будет использовать карман для привязки, как определено в проекте стыковки.
  • Открыть дополнительную панель в таблице списка совпадений.
  • Выберите опцию Interaction FPs в разделе Descriptor Calculator на панели.
  • Введите имя столбца.
  • Нажмите рассчитать недвижимость .
Шаг 2: После завершения расчета столбец будет добавлен в таблицу списка совпадений.
Шаг 3: кластеризация отпечатков пальцев
  • Выберите столбец отпечатков пальцев.
  • Щелкните кнопку кластера.
  • Выберите параметры, показанные в диалоговом окне выше.
Шаг 4: Выберите репрезентативные центры или консервативные связывающие взаимодействия.
  • Перетащите полосу расстояния, чтобы изменить дерево.
  • Щелкните ветви дерева для выбора (используйте CTRL для несмежных выделений).
  • Щелкните правой кнопкой мыши «белое пространство» и выберите репрезентативные центры.

После того, как вы составили список результатов скрининга, вы можете использовать панель справа от списка результатов для изменения параметров визуализации. В доступные варианты:

  • pocketSurface = поверхность кармана связывания лиганда. Белый = ароматическая липофильная, Зеленый = неароматическая другая (в основном алифатическая) липофильная поверхность, Красный = потенциал акцептора водородных связей, Синий = потенциал донора водородной связи
  • pocketSkin = Обложка соседних остатков.
  • Pretty = Представление по умолчанию для лиганда и рецептора (см. Изображение ниже).
  • atomEnergies = отображается значение энергии для каждого атома лиганда. Зеленый а низкие числа указывают на положительный вклад в связывание.
  • clashVolumes = Подсвечивает любые конфликты между лигандом и рецептором.

Справочник команд служб приложений IP Cisco IOS — пороговая метрика с помощью таймера отслеживания [Поддержка]

Чтобы установить пороговое значение в процентах для отслеживаемого объекта в списке объектов, используйте команду порогового процента в режиме конфигурации отслеживания.Чтобы отключить пороговое значение в процентах, используйте форму no этой команды.

порог процентов { до номер [ вниз номер ] | вниз номер [ до номер ]}

№ порог процент

Описание синтаксиса

вверх

Задает верхний порог.

вниз

Задает нижний порог.

номер

Пороговое значение. Диапазон от 0 до 100.

Команда По умолчанию

Процент порога не настроен.

Командные режимы

Конфигурация слежения (config-track)

История команд

Версия

Модификация

12.3 (8) Т

Эта команда была введена

25 (12,2) ю.ш.

Эта команда была интегрирована в Cisco IOS версии 12.2 (25) S.

12,2 (33) SRA

Эта команда была интегрирована в Cisco IOS версии 12.2 (33) SRA.

31 (12,2) SB2

Эта команда была интегрирована в Cisco IOS Release 12.2 (31) SB2.

12,2 (33) SXH

Эта команда была интегрирована в Cisco IOS версии 12.2 (33) SXH.

Cisco IOS XE версии 2.1

Эта команда была интегрирована в Cisco IOS XE Release 2.1.

Руководство по использованию

Когда вы настраиваете отслеживаемый список с помощью команды track object-number list, доступны два ключевых слова: логическое и пороговое.Если вы укажете ключевое слово threshold, вы можете указать ключевые слова в процентах или весе. Если вы укажете ключевое слово в процентах, то ключевое слово веса будет недоступно. Если вы укажете ключевое слово веса, то ключевое слово процента будет недоступно.

Сначала вы должны настроить процент увеличения. Допустимый диапазон — от 1 до 100. Процент снижения зависит от того, что вы настроили для повышения. Например, если вы настроите 50 процентов для увеличения, вы увидите диапазон от 0 до 49 процентов для снижения.

Примеры

В следующем примере отслеживаемый список 11 настроен для измерения порога с использованием процента увеличения 50 и процента уменьшения 32:

Маршрутизатор (config) #   трек 11 список пороговых значений в процентах  
Маршрутизатор (config-track) #   объект 1  
Маршрутизатор (config-track) #   объект 2  
Маршрутизатор (config-track) #   порог в процентах вверх 50 вниз 32

Связанные команды

Команда

Описание

вес порога

Устанавливает пороговый вес для отслеживаемого объекта в списке объектов.

список треков

Задает список отслеживаемых объектов и пороговые значения, которые будут использоваться для сравнения.

dockerd | Документация Docker 

  Использование: dockerd COMMAND

Самодостаточная среда выполнения для контейнеров.

Параметры:
      --add-runtime runtime Зарегистрировать дополнительную OCI-совместимую среду выполнения (по умолчанию [])
      --allow-nondistributable-artifacts list Разрешить отправку нераспространяемых артефактов в реестр
      --api-cors-header string Установить заголовки CORS в Engine API
      --authorization-plugin список плагинов авторизации для загрузки
      --bip string Указать IP-адрес сетевого моста
  -b, --bridge string Присоединить контейнеры к сетевому мосту
      --cgroup-parent string Установить родительскую контрольную группу для всех контейнеров
      --cluster-Advertise строка Адрес или имя интерфейса для рекламы
      --cluster-store строковый URL-адрес серверной части распределенного хранилища
      --cluster-store-opt map Установить параметры хранилища кластера (карта по умолчанию [])
      --config-file string Файл конфигурации демона (по умолчанию "/ etc / docker / daemon.json ")
      --containerd string containerd grpc address
      --cpu-rt-period int Ограничить период реального времени процессора в микросекундах
      --cpu-rt-runtime int Ограничить время выполнения ЦП в реальном времени в микросекундах
      --cri-containerd запустить контейнер с cri
      --data-root string Корневой каталог постоянного состояния Docker (по умолчанию "/ var / lib / docker")
  -D, --debug Включить режим отладки
      --default-address-pool pool-options Пулы адресов по умолчанию для локальных сетей конкретных узлов
      --default-gateway ip IPv4-адрес шлюза по умолчанию для контейнера
      --default-gateway-v6 ip Адрес IPv6 шлюза по умолчанию для контейнера
      --default-ipc-mode string Режим по умолчанию для контейнеров ipc ("shareable" | "private") (по умолчанию "private")
      --default-runtime string Среда выполнения OCI по умолчанию для контейнеров (по умолчанию "runc")
      --default-shm-size bytes Размер shm по умолчанию для контейнеров (по умолчанию 64 МБ)
      --default-ulimit ulimit Ограничения по умолчанию для контейнеров (по умолчанию [])
      --dns список используемых DNS-серверов
      --dns-opt перечислить параметры DNS для использования
      --dns-search список используемых поисковых доменов DNS
      --exec-opt список параметров выполнения во время выполнения
      --exec-root string Корневой каталог для файлов состояния выполнения (по умолчанию "/ var / run / docker")
      --experimental Включить экспериментальные функции
      --fixed-cidr строка Подсеть IPv4 для фиксированных IP-адресов
      --fixed-cidr-v6 строка Подсеть IPv6 для фиксированных IP-адресов
  -G, --group string Группа для сокета unix (по умолчанию «докер»)
      --help Использование печати
  -H, --host список сокетов демона для подключения
      --icc Включить межконтейнерную связь (по умолчанию true)
      --init Запустить init в контейнере для пересылки сигналов и получения процессов
      --init-path string Путь к двоичному файлу docker-init
      --insecure-registry list Включить небезопасный обмен данными с реестром
      --ip ip IP-адрес по умолчанию при привязке портов контейнера (по умолчанию 0.0,0.0)
      --ip-forward Включить net.ipv4.ip_forward (по умолчанию true)
      --ip-masq Включить маскировку IP (по умолчанию true)
      --iptables Включить добавление правил iptables (по умолчанию true)
      --ipv6 Включить сеть IPv6
      --label list Установить метки ключ = значение для демона
      --live-restore Включить восстановление докера в реальном времени, когда контейнеры все еще работают
      --log-driver строка Драйвер по умолчанию для журналов контейнера (по умолчанию «json-файл»)
  -l, --log-level string Установить уровень ведения журнала («отладка» | «информация» | «предупреждение» | «ошибка» | «фатальный») (по умолчанию «информация»)
      --log-opt map Параметры драйвера журнала по умолчанию для контейнеров (default map [])
      --max-concurrent-downloads int Устанавливает максимальное количество одновременных загрузок для каждого извлечения (по умолчанию 3)
      --max-concurrent-uploads int Установить максимальное количество одновременных загрузок для каждого нажатия (по умолчанию 5)
      --metrics-addr string Установить адрес и порт по умолчанию для обслуживания API метрик
      --mtu int Установить MTU сети контейнеров
      --network-control-plane-mtu int MTU плоскости управления сетью (по умолчанию 1500)
      --no-new-привилегии Установить no-new-привилегии по умолчанию для новых контейнеров
      --node-generic-resource list Рекламировать пользовательский ресурс
      --oom-score-adjust int Установить oom_score_adj для демона (по умолчанию -500)
  -p, --pidfile string Путь к файлу PID демона (по умолчанию "/ var / run / docker.пид ")
      --raw-logs Полные метки времени без раскраски ANSI
      --registry-mirror list Предпочтительное зеркало реестра Docker
      --rootless Включить режим без root; обычно используется с RootlessKit (экспериментально)
      --seccomp-profile string Путь к профилю seccomp
      --selinux-enabled Включить поддержку selinux
      --shutdown-timeout int Установить тайм-аут выключения по умолчанию (по умолчанию 15)
  -s, --storage-driver строка Используемый драйвер хранилища
      --storage-opt list Параметры драйвера хранилища
      --swarm-default-Advertise-addr строка Установить адрес или интерфейс по умолчанию для объявленного адреса роя
      --tls Использовать TLS; подразумевается --tlsverify
      --tlscacert string Доверять сертификатам, подписанным только этим ЦС (по умолчанию "~ /.docker / ca.pem ")
      --tlscert string Путь к файлу сертификата TLS (по умолчанию "~ / .docker / cert.pem")
      --tlskey string Путь к файлу ключей TLS (по умолчанию "~ / .docker / key.pem")
      --tlsverify Использовать TLS и проверить удаленный
      --userland-proxy Использовать прокси-сервер пользователя для кольцевого трафика (по умолчанию true)
      --userland-proxy-path строка Путь к двоичному файлу прокси пользовательского уровня
      --userns-remap string Настройка пользователя / группы для пространств имен пользователей
  -v, --version Распечатать информацию о версии и выйти

Параметры с [] можно указывать несколько раз.

Описание

dockerd — постоянный процесс, управляющий контейнерами. Докер использует разные двоичные файлы для демона и клиента. Чтобы запустить демон, вы введите dockerd .

Чтобы запустить демон с выводом отладки, используйте dockerd -D или добавьте «debug»: true в файл daemon.json .

Включение экспериментальных функций

Включите экспериментальные функции, запустив dockerd с --experimental flag или добавив "экспериментальный": true к демону .json файл.

Переменные среды

Для удобства поддерживается следующий список переменных среды. из командной строки dockerd :

  • DOCKER_DRIVER Используемый графический драйвер.
  • DOCKER_NOWARN_KERNEL_VERSION Предотвратить предупреждения о том, что ваше ядро ​​Linux не подходит для Docker.
  • DOCKER_RAMDISK Если установлено, то отключается pivot_root.
  • DOCKER_TMPDIR Расположение временных файлов Docker.
  • MOBY_DISABLE_PIGZ Не используйте unpigz для распаковывать слои параллельно при вытягивании изображений, даже если он установлен.

Примеры

Опция сокета Daemon

Демон Docker может прослушивать API Docker Engine запросы через три разных типа Socket: unix , tcp и fd .

По умолчанию сокет домена unix (или сокет IPC) создается в / var / run / docker.sock , требующий разрешения root или docker group членство.

Если вам нужен удаленный доступ к демону Docker, вам необходимо включить tcp Разъем. Помните, что настройка по умолчанию обеспечивает незашифрованные и прямой доступ к демону Docker без аутентификации — и должен быть защищен либо с помощью встроенного зашифрованного сокета HTTPS, либо поставить перед ним безопасный веб-прокси. Вы можете прослушивать порт 2375 на всех сетевые интерфейсы с -H tcp: // 0.0.0.0: 2375 , или в определенной сети интерфейс, используя его IP-адрес: -H tcp: //192.168.59.103: 2375 . это обычный, чтобы использовать порт 2375 для незашифрованного и порт 2376 для зашифрованного общение с демоном.

Примечание

Если вы используете сокет с шифрованием HTTPS, помните, что только Поддерживаются TLS1.0 и выше. Протоколы SSLv3 и ниже не поддерживаются. больше не поддерживается по соображениям безопасности.

В системах на основе Systemd вы можете общаться с демоном через Активация сокета systemd, используйте dockerd -H fd: // .Использование fd: // отлично подойдет для большинства настроек, но вы также можете указать отдельные сокеты: dockerd -H fd: // 3 . Если указанные файлы, активированные сокетом, не найдены, Docker завершит работу. Вы можете найти примеры использования активации сокета Systemd с Docker и Systemd в Дерево исходных кодов Docker.

Вы можете настроить демон Docker на прослушивание нескольких сокетов одновременно. время использования нескольких опций -H :

  # прослушивание с использованием сокета unix по умолчанию и 2 определенных IP-адресов на этом хосте.$ sudo dockerd -H unix: ///var/run/docker.sock -H tcp: //192.168.59.106 -H tcp: //10.10.10.2

Клиент Docker будет учитывать переменную среды DOCKER_HOST , чтобы установить -H флаг для клиента. Используйте одну из следующих команд:

  $ docker -H tcp: //0.0.0.0: 2375 пс
  
  $ export DOCKER_HOST = "tcp: //0.0.0.0: 2375"

$ docker ps

Установка для переменной среды DOCKER_TLS_VERIFY любого значения, кроме пустая строка эквивалентна установке флага --tlsverify .Продолжение эквивалентны:

  $ docker --tlsverify ps
# или
$ экспорт DOCKER_TLS_VERIFY = 1
$ docker ps

Клиент Docker будет учитывать HTTP_PROXY , HTTPS_PROXY и NO_PROXY переменные среды (или их строчные версии). HTTPS_PROXY принимает приоритет над HTTP_PROXY .

Начиная с Docker 18.09, клиент Docker поддерживает подключение к удаленному демон через SSH:

  $ docker -H ssh: // me @ example.com: 22 пс
$ docker -H ssh: //[email protected] ps
$ docker -H ssh: //example.com пс

Чтобы использовать соединение SSH, вам необходимо настроить ssh , чтобы он мог подключиться к удаленный хост с аутентификацией с открытым ключом. Парольная аутентификация не поддерживается. Если ваш ключ защищен парольной фразой, вам необходимо настроить ssh-агент .

Кроме того, на хосте демона должен быть docker binary 18.09 или более поздней версии.

Привязать Docker к другому хосту / порту или сокету Unix

Предупреждение : Изменение привязки демона docker по умолчанию к TCP-порт или группа пользователей Unix docker увеличивают риски безопасности разрешив пользователям без полномочий root получить доступ root на хосте.Удостовериться вы контролируете доступ к докеру . Если вы связываете к TCP-порту, любой, кто имеет доступ к этому порту, имеет полный доступ к Docker; поэтому в открытой сети это не рекомендуется.

С помощью -H можно заставить демон Docker прослушивать конкретный IP и порт. По умолчанию он будет слушать unix: ///var/run/docker.sock , чтобы разрешить только локальные подключения root пользователь. Вы можете установить на 0.0.0.0:2375 или на конкретный IP-адрес хоста чтобы предоставить доступ всем, но это не рекомендуется , потому что то получить root-доступ к хосту, на котором демон запущен.

Точно так же клиент Docker может использовать -H для подключения к настраиваемому порту. Клиент Docker по умолчанию будет подключаться к unix: ///var/run/docker.sock в Linux и tcp: //127.0.0.1: 2376 в Windows.

-H принимает назначение хоста и порта в следующем формате:

  tcp: // [хост]: [порт] [путь] или unix: // путь

Например:

  • tcp: // -> TCP-соединение с 127.0.0.1 на любом порту 2376 при шифровании TLS включен, или порт 2375 , когда связь осуществляется в виде обычного текста.
  • tcp: // host: 2375 -> TCP-соединение включено хост: 2375
  • tcp: // host: 2375 / path -> TCP-соединение включено host: 2375 и добавить путь ко всем запросам
  • unix: // путь / к / сокету -> сокет Unix расположен на путь / к / розетке

-H , когда пусто, по умолчанию будет то же значение, что и когда был передан номер -H .

-H также принимает сокращенную форму для привязок TCP: хост: или хост: порт или : порт

Запустить Docker в режиме демона:

  $ sudo <путь к> / dockerd -H 0.0.0.0:5555 &

Загрузите образ ubuntu :

  $ docker -H: 5555 pull ubuntu

Вы можете использовать несколько -H , например, если хотите слушать на обоих TCP и сокет Unix

  # Запустить докер в режиме демона
$ sudo <путь к> / dockerd -H tcp: // 127.0.0.1: 2375 -H unix: ///var/run/docker.sock &
# Загрузите образ ubuntu, используйте сокет Unix по умолчанию
$ docker pull ubuntu
# ИЛИ использовать порт TCP
$ docker -H tcp: //127.0.0.1: 2375 вытащить убунту

Демон-накопитель-драйвер

В Linux демон Docker поддерживает несколько различных хранилищ уровня изображений. драйверы: aufs , devicemapper , btrfs , zfs , overlay и overlay2 .

Драйвер aufs является самым старым, но основан на наборе исправлений ядра Linux, который в основное ядро ​​вряд ли слить.Также известно, что они вызывают некоторые серьезные сбои ядра. Однако aufs позволяет контейнерам совместно использовать исполняемая и разделяемая память библиотеки, поэтому это полезный выбор при запуске тысячи контейнеров с одной и той же программой или библиотеками.

Драйвер devicemapper использует тонкую подготовку и копирование при записи (CoW) снимки. Для каждого местоположения графа devicemapper — обычно / var / lib / docker / devicemapper — тонкий пул создается на основе двух блоков устройства, одно для данных и одно для метаданных.По умолчанию эти блочные устройства создаются автоматически с использованием петлевых монтировок автоматически созданных разреженные файлы. См. Параметры Devicemapper ниже чтобы узнать, как настроить эту настройку. ~ jpetazzo / Изменение размера контейнеров Docker с помощью плагина Device Mapper В статье объясняется, как настроить существующую установку без использования опций.

Драйвер btrfs очень быстр для сборки докеров — но как devicemapper не разделяет исполняемую память между устройствами.Использовать dockerd -s btrfs -g / mnt / btrfs_partition .

Драйвер zfs , вероятно, не так быстр, как btrfs , но имеет более длинный послужной список по стабильности. Благодаря Single Copy ARC общие блоки между клонами будут кешируется только один раз. Используйте dockerd -s zfs . Чтобы выбрать другую файловую систему zfs установите параметр zfs.fsname , как описано в разделе Параметры ZFS.

Оверлей — файловая система очень быстрого объединения. Теперь он объединен с основным Ядро Linux от 3.18.0. накладка также поддерживает совместное использование кеша страниц, это означает, что доступ к нескольким контейнерам один и тот же файл может совместно использовать одну запись в кэше (или записи), это делает оверлей так же эффективен с памятью, как драйвер aufs . Позвоните по телефону dockerd -s overlay использовать это.

overlay2 использует ту же файловую систему быстрого объединения, но использует преимущества дополнительные функции, добавленные в Linux ядро 4.0, чтобы избежать чрезмерного потребления inode. Позвоните по телефону dockerd -s overlay2 использовать это.

Примечание

Драйвер хранилища оверлея может вызвать чрезмерное потребление inode (особенно по мере роста количества изображений). Мы рекомендуем использовать накопитель overlay2 драйвер вместо этого.

Примечание

Как overlay , так и overlay2 в настоящее время не поддерживаются на btrfs или любую файловую систему «Копирование при записи» и должны использоваться только над разделами ext4 .

В Windows демон Docker поддерживает драйвер хранения с одним слоем изображений. в зависимости от платформы образов: windowsfilter для образов Windows и lcow для контейнеров Linux в Windows.

Вариантов на драйвер устройства хранения

Конкретный драйвер запоминающего устройства может быть настроен с опциями, указанными с --storage-opt flags. Опции для devicemapper имеют префикс dm , опции для zfs начинаются с zfs , опции для btrfs начинаются с btrfs и варианты для lcow начинаются с lcow .

Опции Devicemapper

Это пример файла конфигурации для devicemapper в Linux:

  {
  "драйвер-накопитель": "devicemapper",
  "storage-opts": [
    "dm.thinpooldev = / dev / mapper / thin-pool",
    "dm.use_deferred_deletion = true",
    "dm.use_deferred_removal = true"
  ]
}
дм.thinpooldev

Задает настраиваемое блочное устройство хранения данных для тонкого пула.

При использовании блочного устройства для хранения устройства сопоставления лучше всего использовать lvm для создания тома тонкого пула и управления им.Затем этот том передается в Docker. исключительно для создания томов моментальных снимков, необходимых для образов и контейнеров.

Управление тонким пулом за пределами Engine обеспечивает наиболее многофункциональный способ заставить Docker использовать тонкое обеспечение устройства сопоставления в качестве резервное хранилище для контейнеров Docker. Основные особенности lvm-игры Функция управления тонким пулом включает: автоматический или интерактивный тонкий пул поддержка изменения размера, динамическое изменение функций тонкого пула, автоматическое изменение размера проверка метаданных, когда lvm активирует тонкий пул и т. д.

В качестве запасного варианта, если тонкий пул не предоставляется, файлы loopback создан. Loopback очень медленный, но может использоваться без каких-либо предварительная настройка хранилища. Настоятельно рекомендуется сделать

Стыковка и подсчет очков | Schrödinger

Стыковка жесткого рецептора с Glide

Методология стыковки и подсчета очков Glide
Методы стыковки с Glide HTVS, SP и XP были подробно описаны ранее. 1-3 Glide HTVS и SP используют серию иерархических фильтров для поиска возможных положений лиганда в области сайта связывания рецептора.Форма и свойства рецептора представлены на сетке различными наборами полей, которые обеспечивают более точную оценку позы лиганда. Исчерпывающий перечень торсионов лигандов генерирует набор конформаций лигандов, которые исследуются в процессе стыковки. Учитывая эти конформации лиганда, начальный скрининг детерминированно выполняется по всему фазовому пространству, доступному лиганду, для определения перспективных поз лиганда. Из поз, выбранных при начальном скрининге, лиганд уточняется в торсионном пространстве в области рецептора с использованием OPLS3 4 (Glide SP & XP) или OPLS2005 (GLIDE HTVS) с зависимой от расстояния диэлектрической моделью.Наконец, небольшое количество поз минимизируется в области рецептора с полной гибкостью лиганда (минимизация после докинга или PDM). Этот процесс называется стыковочной воронкой, как показано на рисунке 1.


Рисунок 1. Скользящая стыковочная воронка HTVS и SP.

Glide HTVS может стыковать соединения со скоростью около 2 секунд на соединение и заменяет отбор проб дыхания на более высокие скорости. Glide SP выполняет исчерпывающую выборку и является рекомендуемым балансом между скоростью и точностью, требуя около 10 секунд на соединение.Glide XP использует метод выборки якоря и роста и другую функциональную форму для GlideScore. Он может стыковать соединения со скоростью около 2 минут на соединение. Эти три режима стыковки предоставляют множество вариантов баланса скорости и точности для большинства ситуаций.

Glide использует функцию оценки Emodel 1 для выбора между комплексами белок-лиганд данного лиганда и функцию GlideScore 2 для ранжирования соединений для отделения соединений, которые прочно связываются (активные вещества), от соединений, которые не связываются ( неактивные).Функция оценки Emodel в первую очередь определяется кулоновской энергией белок-лиганд-vdW с небольшим вкладом от GlideScore. GlideScore — это эмпирическая оценочная функция, предназначенная для максимального разделения соединений с высокой аффинностью связывания от соединений с небольшой или нулевой способностью связывания. Как эмпирическая функция оценки, она состоит из членов, которые учитывают физику процесса связывания, включая липофильно-липофильный член, условия водородной связи, штраф за вращаемую связь и вклады кулоновских энергий белок-лиганд-ВДВ.В дополнение к этим терминам GlideScore включает термины для учета гидрофобной оболочки 3 , которая представляет собой вытеснение молекул воды лигандом из областей с множеством проксимальных липофильных атомов белка. Особенно благоприятным для связывания является образование одной или нескольких водородных связей белок-лиганд в областях гидрофобной оболочки, как показано на фиг. 2 и 3.

Фигура 2. Boehringer, активный для 1kv2, связанного с киназой карты p38 человека.Нафтильная группа получает награду за упаковку гидрофобной оболочки.

Рис. 3. Биотин, связанный со стрептавидином. Идентификация триплета коррелированных водородных связей в кольце в гидрофобно замкнутой области и трех водородных связей с карбонилом лиганда в этом кольце каждая значительно способствует очень благоприятному GlideScore для этого прочно связанного комплекса (∆Gexp = -18,3 ккал. / моль).

Точность стыковки и обогащение
Первая статья о Glide 1 — 2 и наиболее цитируемая статья в Журнале медицинской химии (по состоянию на февраль.2016) со многими ссылками на его применение в проектах по открытию лекарств. Способность Glide последовательно выявлять совпадения для оптимизации потенциальных клиентов и обеспечивать понимание ключевых взаимодействий и эффектов десольватации, влияющих на связывание белок-лиганд, способствовала его широкому распространению. Необходимым условием для получения высококачественных результатов стыковки является использование структур белков и лигандов, приготовленных с использованием передовых методов с помощью мастера подготовки белков и LigPrep. В рамках непредвзятого сравнения методов стыковки мы оценили Glide SP для прогнозирования режима привязки с использованием набора тестов самоподстыковки Astex 5 и обогащения в контексте виртуального скрининга с использованием набора данных DUD 6 .Наборы данных, показатели оценки и проведенные эксперименты были предписаны условиями симпозиума по стыковке и подсчету баллов на 241 st ACS Meeting в Анахайме. 7

В этих ретроспективных экспериментах Glide SP воспроизводит кристаллическую комплексную геометрию в 85% случаев Astex со среднеквадратичным отклонением <2,5 Å, как показано на рисунке 4. Glide также эффективен для обогащения проверенных баз данных известными активными веществами, превосходя случайный выбор в 97 % целей DUD и средний показатель AUC равен 0.80 во всех 39 целевых системах. Показатели раннего обогащения показывают, что в среднем 12%, 25% и 34% известных активных веществ извлекаются при проверке лучших 0,1%, 1% и 2% извлеченных ловушек. Это обогащение особенно впечатляет, учитывая структурное сходство между активными и ложными лигандами в наборе данных DUD 8 и то, что стыковка лиганда с SP Glide занимает всего около 10 секунд с использованием современного оборудования.

Рис. 4. Графики RMSD Glide SP из экспериментов с стыковкой Astex для лучшей позы Emodel (синий) и уточненной позы с самым низким RMSD (голубой-серый).Показан процент лучших поз Emodel, которые соответствуют различным пороговым значениям RMSD.

Таблица 1: Ранние и полные результаты обогащения Glide SP с использованием подготовленных структур с использованием передовой практики для набора данных DUD из 40 систем.

ROC (0,1%) ROC (1%) ROC (2%) AUC
Структуры передового опыта
Среднее значение 0.12 0,25 0,34 0,80
Медиана 0,06 0,19 0,27 0,14
Станд. Dev. 0,17 0,22 0,24 0,14
Максимум 0,82 0,88 0,88 0,98

Использование Glide для «Близко к эксперименту»
Широкий диапазон Glide ограничения позволяют «оставаться ближе к эксперименту», о чем сообщалось как об общей теме фармацевтических проектов в Roche, на которые положительно повлияла вычислительная химия. 9 Ограничения водородной связи требуют образования водородной связи с определенными функциональными группами на рецепторе, позиционные ограничения могут навязывать закрепленные позы, чтобы поместить конкретный химический состав в объем пространства относительно рецептора, металлические ограничения усиливают координационную геометрию. Основные ограничения особенно ценны для обеспечения ожидаемых режимов связывания конгенерических серий при подготовке закрепленных поз для предсказания сродства связывания с помощью MM-GBSA или возмущения свободной энергии.

Док-макроциклы
Эффективный отбор образцов кольцевых конформаций необходим для воспроизведения экспериментальных режимов связывания в стыковочных экспериментах, особенно для макроциклов, где могут быть сотни низкоэнергетических конформаций. Glide полагается на обширную базу данных кольцевых конформаций для выборки низкоэнергетических состояний и в остальном не делает выборки кольцевых систем макроциклов. Создание кольцевых шаблонов для макроциклов значительно улучшает предсказание собственной позы.

Типичным примером является макроцикл из 2QKZ, показанный на этом рисунке, где нативный лиганд закапывает кольцо макроцикла в почти закрытый карман.Для связывания в этом кармане требуется определенная кольцевая конформация, которая формирует ключевые взаимодействия с карбонильными и протонированными аминогруппами лиганда. При использовании кольцевых шаблонов для этого макроцикла пристыкованная поза имеет низкое среднеквадратичное значение 0,22 Å. Без шаблонов кольца макроцикла, даже с визуально подобной конформацией кольца RMSD 0,71 Å для атомов кольца макроцикла, Glide позиционирует кольцо вне кармана

.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *